Выявление РНК вируса гепатита С методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) и определение его генотипа в сыворотке крови. Определяемый фрагмент - консервативный участок генома вируса, свойственный конкретному генотипу. Специфичность определения - 98%. Вирус гепатита С отличается высокой изменчивостью и наличием нескольких вариантов генотипа. Для клинической практики достаточно разграничивать 5 субтипов ВГС: 1a, 1b, 2a, 2b, 3a. На территории РФ преобладающим генотипом является 1b, далее с убывающей частотой - 3a, 1a, 2a.Достоверным прогностическим фактором развития инфекции ВГС и ответа на на противовирусную терапию является генотип вируса гепатита С. Генотипом вируса также определяется продолжительность курса лечения, что весьма актуально учитывая широкий спектр побочных действий интерферона и низкую переносимость этого препарата больными.У пациентов с субтипом 1b хронизация HCV-инфекции происходит в 90% случаев, в то время как с генотипами 2а и 3а в 33-50%; инфицирование генотипом 1b сопровождается более тяжелым течением заболевания, развитием цирроза печени и гепатоцеллюлярной карциномы, пациенты с субтипом 3a имеют более выраженный стеатоз и поражения желчевыводящих путей, а также более высокий уровень АлАТ, чем пациенты с HCV генотипа 1b. При этом уровень фиброза более выражен у пациентов с вирусом субтипа 1b.